上卷
- 一、太极图抄引
- 三、太极图说
- 四、不知《易》者不足以言太医论
- 五、问三才所同者于人身何以见之
- 六、命门图说（图缺）
- 七、右肾水火辩
- 九、《难经正义》三焦评
- 十、问诊三焦包络
- 十一、脉义
- 十二、问十二支土多十二经火多之义
- 十三、问手心主
- 十四、手足经配合脏腑之义
- 十五、问五行金木水火土之义
- 十六、问心包络何以不得为藏
- 十八、问五行土无定体寄旺四季各一十八日何长夏一月土又独主之
- 十九、问十二经脏腑命名之义
- 二十、原呼吸
- 二十一、论诊法
- 二十二、证候推移指法
- 二十三、宗气营气卫气说
- 二十四、痢与滞下辩
- 二十五、噎膈翻胃辩
- 二十六、四时脉说
- 二十七、问伤寒桂枝汤用桂枝说
- 二十八、气郁胁痛论
- 三十、咳嗽
- 三十一、哮
- 三十二、喘
- 三十三、论汗不可纯作血看当以气看为妥
- 三十四、论五郁
- 三十五、论呕血
- 三十六、论咳血
- 三十七、论齿衄
- 三十八、颤振
- 三十九、相火篇
- 四十、泄泻辩
- 四十一、防暑论
- 四十二、痿论
- 四十三、癫狂痫辩
- 四十四、鼻鼽
- 四十五、鼻渊
下卷
- 四十六、胁痛
- 四十七、腹中水块作痛
- 四十八、治肾消
- 四十九、罗谦甫药戒
- 五十、人经脉上下左右前后二十八脉考
- 五十一、人身有四海说
- 五十二、删定野山秘抄种子论
- 五十三、护胎说
- 五十四、王节斋《本草集要》参论
- 五十五、《洗冤录》载沿身骨节上下联系名目
- 五十六、《洗冤录》验胎法
- 五十七、人身内景说
- 五十八、不执方说
- 五十九、列张刘李朱滑六名师小传
- 六十、《医通》节文
- 六十一、《难经本义》十八难图注辩
- 六十二、《难经》肺金肝木浮沉说
- 六十三、《难经》七十五难金不得平木“不”字辩
- 六十四、《难经》八十一难篇“是病”二字辩
- 六十五、节抄“灵枢”引
- 六十六、本神篇
- 六十七、决气篇
- 六十八、胀论
- 六十九、五癃津液别篇
- 七十、贼风篇
- 七十一、五音五味篇妇人无须
- 七十二、忧恚无言篇
- 七十三、邪客篇
- 七十四、大惑篇
- 七十五、十二经络脏象见证
- 七十六、附王好古类集五脏苦欲补泻药味
- 七十七、附李东垣药类法象
- 七十八、本草攻克血积症瘕及胎产解毒并十八反药类