吕由庚，开封（今属河南）人。诲子（《宋史》卷三二一《吕诲传》）。神宗元丰中由瀛州防御推官知陵川县（《宋诗纪事小传补正》卷二引《荆州府志》）。哲宗元祐初为太常太祝（《东坡先生全集》卷三九《吕由庚太常寺太祝》）。