卷之一（宫集）
卷之二（商集）
- 天门冬
- 麦门冬
- 五味子
- 菟丝子
- 甘菊花
- 薏苡仁
- 山药
- 知母
- 金钗石斛
- 肉苁蓉
- 补骨脂
- 羌活（独活）
- 柴胡
- 升麻
- 车前子
- 蒺藜子
- 青黛
- 天麻
- 蒲黄
- 何首乌
- 益母草
- 续断
- 金银花
- 巴戟天
- 五加皮
- 川芎
- 芍药
- 黄芩
- 黄连
- 桔梗
- 栝蒌实（附天花粉）
- 紫菀
- 贝母
- 款冬花
卷之三（角集）
- 广木香
- 香附
- 益智
- 砂仁
- 肉豆蔻
- 白豆蔻
- 藿香
- 高良姜
- 紫苏叶（苏子）
- 防风
- 防己
- 荆芥
- 白芷
- 细辛
- 麻黄
- 葛根
- 威灵仙
- 秦艽
- 薄荷
- 香薷
- 葳蕤
- 蛇床子
- 龙胆草
- 泽泻
- 元参
- 沙参
- 地栗粉
- 丹参
- 白薇
- 茵陈
- 青蒿
- 仙茅
- 附子
- 天南星
- 半夏
- 莪术
- 骨碎补
- 泽漆
- 三七根
- 万年青
- 两头尖
- 柘木枝
- 蜀漆
- 白头翁
- 牡丹皮
- 大蓟、小蓟
- 刘寄奴
- 延胡索
- 郁金
- 艾叶
- 地榆
- 耳实（即苍耳子）
- 茜草
- 夏枯草
- 百部
- 百合
- 旋复花
- 大黄
- 连翘
- 射干（射音夜）
- 苦参
- 牵牛
卷之四（征集）
- 泽兰
- 萆
- ???
- 海藻
- 甘遂
- 白芨
- 白附子
- 王不留行
- 蒲公英
- 旱莲草
- 灯心草
- 山慈菇根
- 贯众
- 山豆根
- 羊踯躅
- 淫羊藿
- 没食子
- 肉桂
- 桂枝
- 柏实（柏叶）
- 黄柏
- 楮实子
- 淡竹叶（竹茹、竹沥）
- 茯苓（茯神）
- 槐实（槐米、槐花）
- 枳实（枳壳）
- 女贞子
- 浓朴
- 桑白皮（桑叶、桑椹）
- 山栀子
- 枸杞子（地骨皮）
- 辛夷
- 酸枣仁
- 杜仲
- 使君子
- 山茱萸
- 接骨木
- 蔓荆子
- 猪苓
- 南烛枝叶
- 蜀椒
- 吴茱萸
- 钩藤
- 大腹皮
- 槟榔
- 五倍子
- 皂荚
- 乌药
- 血竭
- 沉香
- 乳香
- 丁香
- 阿魏
- 没药
- 雷丸
- 麦芽
- 赤小豆
- 白扁豆
- 乌芝麻
- 巨胜子
- 火麻子
- 神曲
- 酒
- 醋
- 冬葵子
- 生姜
- 干姜（炮姜）
- 白芥子
- 莱菔子（即萝卜子）
- 瓜蒂
- 葱
- 韭（韭子）
- 蒜
卷之五（羽集）
- 橘皮（陈皮、青皮）
- 桃核仁
- 杏仁
- 木瓜
- 乌梅
- 大枣
- 龙眼肉
- 榧子
- 枇杷叶
- 郁李仁
- 莲子（藕花心）
- 芡实
- 甘蔗（砂糖）
- 覆盆子
- 金樱子
- 木通
- 山楂
- 胡桃肉
- 橄榄
- 白果
- 丹砂（水银、轻粉）
- 阳起石
- 禹余粮
- 石膏
- 硫黄
- 赤石脂
- 寒水石
- 石钟乳
- 代赭石
- 滑石
- 朴硝（芒硝、皮硝、玄明粉）
- 花蕊石
- 矾石
- 磁石
- 铅（铅霜、黄丹、自然铜）
- 盐
- 虎骨（虎睛、虎肉、虎脂）
- 象皮
- 白马茎
- 牛黄
- 山羊血
- 驴溺
- 阿胶
- 熊胆
- 鹿茸（鹿角、鹿胶、鹿角霜、鹿肾、鹿血）
- 犀角
- 羚羊角
- 麝香
- 驴鞭
- 獭肝
- 腽肭脐
- 皮
- 雀卵
- 鼠骨（鼠胆）
- 伏翼（夜明砂）
- 蜂蜜
- 五灵脂
- 蝉蜕
- 蜗牛
- 蝎
- 九香虫
- 蜚虻
- 僵蚕
- 晚蚕蛾（蚕沙）
- 桑螵蛸
- 白头蚯蚓
- 蟾酥
- 蝌蚪
- 白花蛇
- 鱼鳔
- 龟甲（千岁灵龟）
- 鳖甲
- 蛤蚧
- 蝼蛄
- 鳗鱼
- 鳝鱼
- 螃蟹
- 海马
- 文蛤
- 真珠
- 牡蛎
- 水蛭
- 龙骨（龙齿、紫稍花）
- 海螵蛸
- 紫河车
- 人乳
- 胎发
- 童便（秋石）
- 浣裤汁
- 月水
- 水
- 火